– در عنوان ششم از اصل چهارم کاشفی بحث ظاهر و باطن داشتن آیات را با استناد به روایات آورده و عنوان این بخش را اینگونه ذکر کرده است: « در ذکر اشارات عرفا و حقایق اولیا» . وی در این قسمت برخی نظرات در ارتباط با ظاهر و باطن قرآن را بیان کرده و دیدگاه خود را چنین آورده: «مطاوی این سخنان عالی نشان، بدان معنی ایمایی می‏نماید که کلام معالی اعلام ملک علّام را رموز و اشارات بی‏نهایت هست، بطنا بعد بطن و سرّا تحت سرّ بیت‏:
ورقی باز کردم از سخنش زیر هر توی آن سخن تویی است‏
و مضمون این ابیات حقایق آیات، تقویت همین معنی می‏نماید:
ظهر و بطن است جمله قرآن را از پی یکدگر بخوان آن را
ظهر و بطن است و بطن بطن یقین همچنین تا به سبع یا سبعین‏
لفظ را چون کنی به ظهر قیاس قشر و مغزند نزد خرده شناس‏
ظهر را هم به بطن چون نگری همچنین مغز و قشرشان شمری‏
هست ماندن به قشر دأب دواب مغز جو مغز چون اولوا الالباب‏»
(کاشفی، ۱۳۷۹ه.ش، صص۲۷۶ و۲۷۷)
-واعظ کاشفی در عنوان دوم از اصل اول که به بررسی اسمهای قرآن پرداخته، شصت وشش اسم را از آیات قرآن و دوازده اسم را از احادیث استنباط کرده است، در خاتمهی این گفتار ذکر میکند که معانی این اسمها را اهل آن درک میکنند و چنین میآورد:
«معنی ظاهر هر اسم رقم ذکر یافت، اما در هر یکی اشارتها مندرج است که جز اهل آن بدان‏ نرسند. آنها که قدم همت از منزل صورت بیرون ننهاده‏اند نظر ایشان جز بر نام نباشد و جمعی که به بال اقبال در فضای هوای معنی پرواز نموده‏اند، از آینه اسم جمال مسما بر ایشان ظاهر گردد بیت:
اسم دیدی رو مسمّا را بجوی مه به بالا دان نه اندر آب جوی‏
درگذر از صورت و از نام خیز وز لقب وز نام در معنی گریز
ور ز نام و حرف خواهی بگذری پاک کن خود را ز خود هین یکسری»
(همان، صص ۱۵۵ و ۱۵۶)
-در قسمتی دیگر که مفسر به آداب تدبر و تفکر در قرآن پرداخته و آداب قرائت قرآن را به آداب ظاهری و باطنی تقسیم کرده، ادب دهم از آداب باطنی را «تأثر» معرفی میکند، به این معنی که دل قاری از آثار مختلفی که هر آیه به دلیل معانیای مانند صبر و توکل و رضایت دارد، تأثیر بپذیرد، به وجد بیاید و حال پیدا کند. کاشفی اشاره میکندکسی که در راه سیر و سلوک، بیشتر قدم گذاشته باشد از آیات قرآن و معانی آنها تأثیر بیشتری میگیرد: «مراعات این ادب به نسبت حال کسی است که درجات سیر و مقامات سلوک را دانسته باشد، و بر اصطلاحات ارباب عرفان وقوفی حاصل کرده و چنین کسی اگر خود را در هر محل به حسب حالی که مفهوم آیه مقتضی آن است از احوال اهل فقر و تصوف متأثر نبیند، و به اخلاق قرآن متخلق نیابد، بهره او از تلاوت جز حرکت لسان نیست چون طوطی که کلمات بر زبان راند و معنی و حقیقت آن را نداند.
حرف آموزد ولی سرّ قدیم می ‏نداند طوطی است او نی ندیم‏
و هر که در راه سلوک قدم او پیشتر باشد، تأثرش از تلاوت و سماع قرآن بیشتر بود».(همان، صص۲۷۲ و۲۷۳)
-واعظ همچنین در بیان اینکه عقل نمیتواند به حقیقت معانی قرآن دست پیدا کند، اشاره میکند که برخی به فضل خداوند به بعضی از اسرار آن مطلع میشوند و در اینجا از «سالکان طریق باطن» سخن به میان آورده است: «و هر چند حقیقت قرآن کما ینبغی در حیّز بیان نگنجد، و خرد دور اندیش به نهایت معانی آن نرسد، فامّا بعضی از خواص زمره انسانی به فیض فضل ربانی بر سرّی چند از آن مطلع شده‏اند، و جهت مزید بصیرت مریدان و ازدیاد هدایت مستفیدان، به اظهار آن من عند اللّه مأمور گشته، تا چنانچه اهل ظاهر به دیده فکرت جلوات جمال علوم صوری قرآن می‏بینند سالکان طریق باطن نیز باصره بصیرت به مطالعه شواهد حسن بی زوال معنویات آن بگشایند و اگر کسی را خود علم ظاهر و باطن با یکدیگر مجتمع گردد، بی‏شبهه نمودار نُورٌ عَلی‏ نُورٍ در سویدای سرّ او ظهور خواهد نمود». (همان، صص۲۸۱ و۲۸۲)
– کاشفی در مورد فرق «رحمان» و «رحیم» میگوید: «ناهجان مسالک معرفت را نیز در تفرقه میان رحمن و رحیم لطیفه‏هاست‏…»(همان،ص۵۷۷) و در حین نظراتی که در تفاوت این دو واژه آورده به مباحث عرفانی نیز اشاره میکند مانند: «رحمن است به اول و آخر، و رحیم است به باطن و ظاهر؛ رحمن است که محبان را به قدم سلوک سپارد، و یار وفا گرداند رحیم است که محبوبان را به کمند جذبه به میدان شهود لقا کشاند».(همان، صص۵۷۹ و۵۸۰)
– مفسر زمانی که معنای لام در «لله» را ذکر کرده میگوید جمعی از عرفا این لام را به معنای «مِن» و «الی» میگیرند و سپس بحثی عرفانی را مطرح میکند که: «و به حقیقت این دو معنی پیوسته مطمح نظر زنده دلانی است که از سر حد میدان ازل تا نهایت عرصه ابد به دیده سرّ مشاهده نموده، لمعات آثار مبدأ و لمحات اطوار معاد را دیده باشند، و به فیض اقتباس از جذوه جذبه ربانی، به نکته «منه بدأ و إلیه یعود» رسیده نظم:
دیده که هر حمد از او طالع است بار دگر نیز بدو راجع است‏
از سر تحقیق و ز روی وقوع عین طلوع آمده محض رجوع»
(همان، ص۵۳۱)‏
-در «جواهرالتفسیر» جایی که «یوم الدین» تفسیر میشود، در مبحثی مراتب جزا در روز قیامت برای هر گروهی متفاوت دانسته شده است و در مورد عارفان چنین آمده: « اما چون وقت مجازات عارفان درآید، آن صاحب نظران با بصیرت از روی همت بلند و نهمت ارجمند، چشم از نعیم بهشت و مشاهده حوران پاکیزه سرشت فرو بندند ، لا جرم جزای ایشان جز تمنای جمال و لقای حضرت ذی الجلال نباشد نظم:

هر کسی را از تو در محشر تمنایی بود عاشقان را نیست جز وصل تو تمنای دگر
با خریداران رها کن باغ جنت را که هس
ت مفلسانت را درین بازار سودای دگر»
(همان، ص۶۳۰)
-کاشفی همچنین در توضیح اینکه هرحرف از کلمهی «بسم» در بسمله بر اسمهای خداوند مانند سمیع، بصیر و محصی دلالت دارد، موضوع را به عرفان پیوند داده و آورده: «گوییا قاری را تنبیه می‏کند که: بصیرم، می‏بینم کردار تو را، در قراءت اخلاص ورز تا جزای بسزا دهم سمیعم، می‏شنوم گفتار تو را، از غرض و سمعه و ریا دور شو تا خلعت فیض و صفا دهم. محصی‏ام، می‏شمارم انفاس و آنات روزگار تو را، یک لحظه غایب مشو تا عوض آن حضور لقا دهم»(همان، ص۳۳۸) و در شرح اینکه چه کسانی این معانی را درک میکنند، میگوید: «و از آن معانی کسی بهره گیرد که بر بای بلای دوست صبر کند، و سین سرّ خود را به سلوک طریق فنا مشغول گرداند، تا وقتی که به میم مشاهده رسد و جمال وجه باقی بر منظر نظرش جلوه‏گر آید بیت:
نور جمال اگر شودت منظر نظر زان پس شکی نماند که صاحب نظر شوی‏
از پای تا سرت همه نور و صفا شود در راه مهر دوست چو بی پا و سر شوی»
(همان، ص۳۳۹)‏
و موارد بسیاری از بحثهای عرفانی در این تفسیر کاشفی وجود دارد که به دلیل طولانی شدن کلام از آوردن آنها خود داری میشود.
۴-۲-۲-گرایش عقلی
مهم‏ترین نقش عقل در تفسیر، تحلیل و بررسی آیه‏های قرآن است، در این شیوهی تفسیری در واقع عقل متمم منابع دیگر است‏ و با بهره گرفتن از آیه‏ها و روایتها به کشف مجهول‏های خود از آیه‏ها می‏پردازد. منظور از گرایش عقلی در این تحقیق استفادهی مفسر از بحثهای کلامی و فلسفی در جواهرالتفسیر است.
از جمله مباحثی که در «جواهرالتفسیر» به چشم میخورد، کاربرد استدلالهای عقلی در تبیین بعضی از مباحث مربوط به اسمها و صفات خداوند، ازلی و ابدی بودن خداوند، عدل الهی، بی نیاز بودن واجب الوجود و محتاج بودن ممکنات به ذات او، بحث